Le conseil de la Communauté peut instituer toute commission composée du nombre de ses membres qu'il fixe.

Chaque commission est consultative et a pour fonction de donner suite aux mandats confiés soit par le conseil ou soit par le comité exécutif dans le cadre de l'exercice des compétences de la Communauté. Elle agit en fonction des mandats reçus qui peuvent inclure la tenue de consultations publiques ou de consultations auprès des municipalités locales, des municipalités régionales de comté, des corps publics ou des représentants de la société civile et formule à l'instance ayant confié le mandat un rapport des observations recueillies et des recommandations sollicitées.

Le conseil a créé cinq commissions permanentes :

• la commission de l'aménagement;
• la commission de l'environnement;
• la commission du développement économique, des équipements métropolitains et des finances;
• la commission du logement social;
• la commission du transport.

Le conseil doit, pour chacune des commissions, nommer quatre membres issus de l'agglomération de Montréal, un membre issu de l'agglomération de Longueuil, un membre issu de la Ville de Laval, un membre issu de la couronne Nord et un membre issu de la couronne Sud.

Le conseil désigne le président et le vice-président parmi les membres d'une commission. Le conseil peut désigner un deuxième vice-président pour l'une ou l'autre des commissions, s'il le juge à propos.

En plus des huit membres de chaque commission, le président et les vice-présidents de la Communauté sont membres d'office de chacune d'elles. Ils peuvent assister à toute séance d'une commission. Ils possèdent, lors d'une telle séance, le droit de parole sans toutefois avoir le droit de vote.

Les séances de chaque commission sont publiques ou à huis clos en fonction des mandats reçus du conseil ou du comité exécutif. Elles ont pour objet de donner suite aux mandats reçus et doivent respecter les règles énoncées à ces mandats, le cas échéant.

Une commission doit tenir autant de séances que nécessaire pour répondre aux mandats confiés par le conseil ou par le comité exécutif et faire rapport dans le délai imparti par ces mandats, le cas échéant.

Le rapport d'une commission est déposé au comité exécutif qui le dépose également au conseil, si ce rapport donne suite à un mandat émanant de cette instance.

Nul rapport d'une commission n'a d'effet à moins qu'il ne soit ratifié ou adopté par le conseil ou selon le cas, par le comité exécutif.

Le conseil a également constitué le comité consultatif agricole qui est formé de dix membres dont cinq sont issus du conseil et cinq sont des producteurs agricoles du territoire. Le comité consultatif agricole conseille le comité exécutif à l'égard des avis qui sont sollicités de la Communauté par la Commission de protection du territoire agricole du Québec.